Zatvorena kontinuirana fermentacija

U zatvorenom sustavu kontinuirane fermentacije određena metoda zadržava stanice u bioreaktoru i kontinuirano povećava njihov broj. U tim uvjetima mijenjaju se određeni ograničavajući čimbenici u bioreaktoru, što dovodi do smrti većine stanica. Stoga je u ovom sustavu nemoguće održati stabilno stanje. Zatvorena kontinuirana fermentacija može se modificirati uporabom otvorene opreme za kontinuiranu fermentaciju, sve dok se neka bakterijska tijela koriste za recirkulaciju. Druga metoda je korištenje odstojnika ili punila postavljenih unutar opreme kako bi se omogućilo bakterijama da rastu na vrhu, a fermentacijska juha istječe bez ili s vrlo malo stanica.
Kontinuirana fermentacija dijalizne membrane nova je metoda. Koristi organsku membranu s mikroporama za odvajanje opreme za fermentaciju. Ova membrana može proći samo kroz produkte fermentacije, ali ne i kroz bakterijske stanice. Na taj se način medij kulture kontinuirano dodaje u interval s bakterijskim tijelima u opremi za fermentaciju, a produkti metabolizma mikroorganizama kontinuirano istječu iz drugog intervala kroz dijaliznu membranu. U nekim procesima fermentacije, kada nakupljanje metabolita u fermentacijskoj juhi dosegne određenu razinu, bit će inhibirano da se nastavi nakupljati. Međutim, korištenje metode dijalizne membranske fermentacije može kontinuirano dijalizirati metabolite, ostavljajući malo ostataka u fermentacijskoj juhi, čime se poboljšava prinos proizvoda.